在实行现在的“一县一代表校制”之前,全国高等学校棒球锦标赛通常于每年8月中旬(一般是8月10日左右)开始,赛事周期一般会持续10天。同期的纪念锦标赛周期则略有变动,第40届和第45届纪念锦标赛的赛事周期与平常锦标赛一样;但是第50届和第55届纪念锦标赛的赛事周期则延长到了14天。
而从1978年举行的第60届赛事之后,由于推行了“一县一代表校制”,赛事周期进行了调整。全国高等学校棒球锦标赛更改为8月8日开始,赛事周期持续14天。而如果是出场学校队伍达到55支的纪念锦标赛,则赛事周期再延长2天。
到了四分之一决赛阶段时,直到2002年第84届赛事(日语:第84回全国高等学校野球選手権大会),这一阶段的赛事依旧是每天4场比赛。但是在第85届(日语:第85回全国高等学校野球選手権大会)(2003年)到第94届(2012年)赛事期间,基于对参赛选手的健康考虑,这一阶段的赛事改为每天2场比赛,因此整个赛事周期被延长1天。不过,若是赛事期间出现降雨导致整个赛事周期延后超过三日的话,为了不造成赛事拖延,四分之一决赛将采取分批进行的方法。[d] 基本上,开幕日定为8月8日是基本不变的,偶有情况会提前1日到2日。
从2013年第95届赛事开始,四分之一决赛阶段又恢复为“一日四赛”;但是在四分之一决赛和半决赛之间会安排1天的休息日,以减轻连续赛事对选手身体健康所造成的负担。不过如果赛事因为雨天延后超过3日,则取消休息日。[8][9]
而从2019年的第101届赛事开始,全国高等学校棒球锦标赛在半决赛和总决赛之间再增加一个休息日,整个赛期被延长到16天。2021年的第103届赛事又在三回战与四分之一决赛之间再增加一个休息日,整个赛期因而增加为17天。
2020年时,该赛事因2019冠状病毒病疫情取消,为二战后首次停办。[10]
如果全国高等学校棒球锦标赛遇上夏季奥运会举办年,赛事主办方也会对锦标赛赛事周期进行调整,避免与奥运会赛期冲突。例如:第74届赛事(日语:第74回全国高等学校野球選手権大会)(1992年巴塞罗那奥运会)的开赛日将被推迟到8月10日;而第90届赛事(2008年北京奥运会)的开赛日则被提前到8月2日,这是全国高等学校棒球锦标赛史上的最早开赛日。
在日本,每年的用电需求会在全国高等学校棒球锦标赛赛期内达到巅峰,[e] 而且人们普遍认为两者之间有着密切的联系。从电力供需观点来看,负责日本电力政策和管理的通商产业省(现经济产业省)已经在考虑修改全国高等学校棒球锦标赛的举办时间。[f]